作为联合国系统内专门致力于全球农村减贫的国际金融机构，近年来，为在推进联合国可持续发展议程中发挥更大、更好、更灵活的作用，国际农发基金研究推行了多项改革，涉及机构治理、资金分配、资源筹集、效率提升等关键领域。
一、推进治理结构改革，提升发展中国家的代表性
2015年2月召开的农发基金第三十八届理事会研究同意，成立一个内部磋商工作小组研究治理结构问题。目前，该工作小组关于农发基金治理结构的报告已提交2017年2月召开的第四十届理事会通过。
主要内容：一是捐资周期，仍然维持三年的捐资周期。二是捐资磋商会的形式与结构，成员国与管理层通过非正式讨论及开放性磋商决定议程设置，明确优先议题；减少磋商会次数及磋商会文件数；更有效地利用农发基金数字平台，如果有需要可以建立新的数字平台。三是明确成员国分组标准（分别提出了A、B、C组的定义），A组包括那些对农发基金捐资同时申明本国无资格获得农发基金的资金，并根据OECD的定义无资格获得官方发展援助的成员国；B组包括那些OPEC成员同时对农发基金捐资的成员国，该组一些成员国也可以有资格获得农发基金的资金；C组仅包括那些不申明本国无资格获得农发基金资金的发展中国家，该组许多成员国也对农发基金捐资。四是发展中国家在农发基金领导机构中的代表性，其中，关于增资磋商席位，A、B组联合提供4个席位定向给C组的低收入国家或潜在的（主要的）捐资国（亚组C1、C2、C3各获1个席位，剩余1个席位浮动）；执董席位未达成一致，将根据今后按照新定义可能产生的成员国组别调整及票权变化，在IFAD12前进一步研究。
二、开展基于绩效的资金分配机制（PBAS）改革，提升农发基金资金使用绩效
2003年，农发基金开始实行基于绩效的资金分配机制政策，即通过PBAS公式计算国别得分，从而进行贷赠款资金分配。公式包括国别需求和国别表现两个部分，国别需求包括农村人口、人均国民收入两个变量；国别表现包括三个变量，分别是国际开发协会资源分配指数（IRAI，也称为CPIA）、IFAD农村发展绩效指数（RSP）及项目绩效系数（PAR）。
具体公式为：
[RuralPOP^0.45*GNIpc^(-0.25)]*〖[0.2IRAI+0.35PAR+0.45RSP]〗^2.0
Country needs component Country performance component
为更好地适应农发基金的宗旨、角色、不断变化的政策及2016-2025年战略框架，进一步体现粮食及营养安全、经济及社会包容性、气候变化和脆弱性等更好地反映农村贫困的因素，农发基金2016年5月成立了一个跨部门技术工作小组研究修订PBAS，并提出分两步走的方案：第一步评估国别需求及国别表现中每个变量的相关性、有效性及PBAS管理过程；第二步提交修订后的PBAS公式（包括对变量及权重的具体建议）和最终的PBAS数学计算方法。
日前，农发基金对PBAS的修订已基本完成，调整后PBAS基础公式为：
[RuralPOP^0.40*GNIpc^(-0.25)*（1+IVI）]*[ 〖0.35PAD+0.65RSP]〗^2.0
主要变化：1.农村人口变量的指数由0.45调整到0.40；2.增加了新变量——农发基金脆弱性指数；3.去掉了原变量——国际开发协会资源分配指数（IRAI），将其所占权重0.2加至原变量农村发展绩效指数（RSP），即RSP权重由原0.45变为0.65；4.为原变量项目绩效系数（PAR）引入新的评价因素资金拨付率（disbursement）,调整为Portfolio and disbursement(PAD)。在此基础上，农发基金管理层基于该PBAS基础公式进一步提供了四种假设情况，国别需求部分保持不变，逐步调整国别表现部分两个变量间的权重及整个国别表现部分的总权重指数，即PBAS公式越来越突出国别表现部分在国别得分中的作用。
PBAS改革最终方案将提交2017年4月召开的农发基金第120届执董会审议。
三、探索新的融资方式，为促进农村转型发挥催化作用
为探索扩大筹资范围，农发基金近年来启动了额外筹资行动ARM（Additional Resource Mobilization）。目前，已经引入了一些新的筹资机制，包括在IFAD10捐资周期内的不受限补充捐资（UCC）、从德国复兴开发银行借款4亿欧元及主权借款框架；还计划对市场借款作可行性研究。
2016年初，农发基金合作与筹资办公室基于优先考虑战略和地理因素，开展了一项识别全球基金会的行动。此次研究评议了265个基金会，最终建议与大约20个基金会建立伙伴关系；合作与筹资办公室已开始与这些基金会接触，探索拥有共同利益和机会的合作领域。一是农发基金正在发起一项全球计划，与一个或多个致力于帮助培养下一代国家领袖的基金合作；通过为毕业生提供在农发基金国家办公室的工作机会，农发基金将与这些基金伙伴共同资助全球高等教育奖学金项目；专业课程项目（Professional Pathways Programme）将通过增加专业经验来加强奖学金项目的影响，从而有助于发展中国家下一代领导者的成长与个人发展。二是农发基金将创建一个新的合作模式，旨在扩大基金会通过农发基金投资产生的成功的创新方法；通过加速基金（Accelerator Fund），农发基金将利用其全球业务项目规模作为进一步加快利用农村发展创新方法及技术的途径。三是农发基金将利用其已有的金融工具和渠道作为与基金会紧密合作的方法。四是农发基金计划成立一个小农和中小企业投资基金（Smallholder and Small and Medium-Enterprise Investment Finance Fund），加大对小农项目的投资，并撬动私营部门投资。目前，在额外筹资行动中，农发基金正着手开展专业课程项目及加速基金，作为与基金会密切合作的起点；此外，小农和中小企业投资基金现处于筹立过程。
四、推进机构扁平化改革，进一步加强与成员国的伙伴关系
过去十年，农发基金着力推动机构扁平化，派出机构数量稳步增长。为进一步提高工作效率，加强与成员国（受援国）的伙伴关系建设，农发基金基于IFAD10（2016-2018）工作重点，制定了新的机构扁平化计划。计划提出:农发基金下派机构包括区域办公室、国家项目办公室和国家代表处三个层级。区域办公室将具有专业技术人员和管理人员，将作为一个区域的全部或部分区域的服务中心，负责和指导其区域中未设立办事机构的国家开展项目；国家项目办公室将具有一些专业人员，负责一个或几个国家的项目和知识合作；国家代表处只服务于单一国家，重点针对那些具有重要战略意义或因特殊情况很难分组的国家。
农发基金机构扁平化中期目标是，大力减少国家代表处数量，逐步增加区域办公室和国家项目办公室的数量，并最终稳定在45个。目前，农发基金已减少10个总部管理人员职位，增加派出机构人员数量。农发基金希望通过机构扁平化计划，进一步精简总部职能，提高派出机构的服务水平和协调能力。这些举措预计在IFAD10与IFAD11期间将产生240万美元的效益。由于要增加派出机构的办公面积和派出机构的技术、管理人员，预计每年将会增加40-50万美元的成本。
机构扁平化计划将遵循六项指导原则：一是巩固加强派出机构的能力，适度增加派出机构；二是制定管理制度，增强规范管理；三是提高派出机构的沟通协调能力，扩大机构影响力；四是在全球合理配置农发基金职员；五是合理界定总部和派出机构的职能，避免职能重叠；六是加大对派出机构的授权，赋予其更多职能。为落实好该计划，农发基金正重点做好三方面工作：一是对所有国家项目进行全面的功能和工作量分析，计算各派出机构的人员需求、职能定位和管理权限等，并进一步简化总部职能；二是评估越南区域办公室的成效，考虑将其经验推广到其他派出机构；三是为农发基金非贷款和贷款业务制定清晰的发展规划，增强扁平化的有效性。