WFP领导机构为执行局，由36个成员国组成，其中，发展中国家占24席。近年来我国一直是WFP执行局成员（2008年除外）。WFP最高领导人为执行干事，由联合国秘书长和粮农组织总干事商执行局后联合任命，任期5年。现任执行干事埃瑟琳?卡津女士(Ertharin Cousin，美国人)于2012年4月就职。

　　WFP的总体组织结构主要包括罗马总部、区域办公室、联络办公室及国家办公室。目前，罗马总部的行政管理层由1名执行干事、1名副执行干事、3名助理执行干事及相关的通讯、人力资源、法律、监察、评估、申诉等部门负责人组成。6个区域办公室分别设在曼谷、开罗、达喀尔、约翰内斯堡、内罗毕及巴拿马。5个联络办公室分别设在日内瓦、阿蒂斯亚贝巴、布鲁塞尔、东京和华盛顿。