IFAD组织机构主要包括：理事会、执行董事会和管理机构。

　　1.理事会（Governing Council）

　　理事会由全体成员国组成，为IFAD的最高权力机构。每一成员国各派一名理事和一名副理事；理事有投票权，副理事只有在理事缺席时才有投票权。理事会每年召开一届年会，审议上年度工作报告、下年度工作计划和预算，决定补充捐资、选举新总裁、修订贷款政策和贷款条件等重大事宜。

　　2.执行董事会（Executive Board）

　　执行董事会是IFAD中仅次于理事会的重要决策与议事机构。负责重大政策制定及对贷赠款项目、财务报告、预算和项目投资计划等重大事项的审批和审议。执行董事会由18个执董和18个副执董组成，每届任期三年。其中，A组执董和副执董席位各8个，B组执董和副执董席位各4个，C组执董和副执董席位各6个。

　　3.管理机构

　　管理机构主要由总裁（副总裁）办公室、财务运行局、后勤服务局、战略与知识管理局、项目管理局组成。